Madrasah Tsanawiyah Nahdlatul Ulama Putri3 Buntet Pesantren Cirebon (MTs NU PUTRI 3 Buntet Pesantren Cirebon) yang pada awalnya bernama PGA 4 Tahun Mualimat berdiri pada tanggal 1 Juli 1962.
Lahirnya PGA 4 Tahun ini tidak terlepas dari keinginan adanya Lembaga Pendidikan Islam Buntet Pesantren yang representatif dari para tokoh seperti para Kyai dan Sesepuh Buntet Pesantren karena beliaulah sebagai inisiator utama Lembaga Pendidikan yang setingkat SMP ini sekaligus menetapkan Kepala Madrasah pertama Iim Imro’ah dari Lingkungan Pondok Pesantren dan Lingkungan Departemen Agama pada saat itu sampai dengan tahun 2000.
Kemudian menjadi MTs NU PUTRI 3 Buntet Pesantren tahun 1974, Kepala Madrasah selanjutnya Sa’adah, A Md, menjabat tahun 2000 sampaii dengan 2005, kemudian Drs. Doatussuroyah, tahun 2005 sampai dengan 2013 dari lingkungan Pondok Pesantren dan Departemen Agama. Dan sekarang Kepala Madrasah Hj. Khisbiyah, S.Ag dari tahun 2013 sampai sekarang dari lingkungan Pondok Pesantren dan Kementerian Agama.
Madrasah ini sekarang dibawah naungan Yayasan Lembaga Pendidikan Islam (YLPI) denga Ketua Yayasannya K.H. Salman Al-Farisi.
Madrasah Tsanawiyah Nahdlatul Ulama Putri3 Buntet Cirebon (MTs NU PUTRI3 Buntet Pesantren Cirebon) sejak berdirinya hingga sekarang terus mengalami perkembangan, yang semula hanya memiliki 6 kelas, sekarang sudah memiliki 26 kelas.